结构：三层波纹纸箱由三层纸板构成，分为面纸、瓦楞纸和底纸；而五层波纹纸箱由五层纸板构成，除了面纸、瓦楞纸和底纸外，还有两层面纸。

  强度：五层波纹纸箱相比于三层波纹纸箱更加坚固和耐压，可承受更大的重量和压力。五层纸板的加入使得纸箱的强度更高，适用于承载重物或者需要更好保护的物品。

  结构：三层波纹纸箱由三层纸板构成，分为面纸、瓦楞纸和底纸；而五层波纹纸箱由五层纸板构成，除了面纸、瓦楞纸和底纸外，还有两层面纸。

  强度：五层波纹纸箱相比于三层波纹纸箱更加坚固和耐压，可承受更大的重量和压力。五层纸板的加入使得纸箱的强度更高，适用于承载重物或者需要更好保护的物品。

  保护性能：五层波纹纸箱相对于三层波纹纸箱在防震、防护方面更好。五层纸板的加入使得纸箱更具有缓冲和吸震能力，可以更加好地保护物品免受外界冲击和挤压。

  成本：由于五层波纹纸箱需要更加多的纸板和加工工序，相对于三层波纹纸箱来说，其成本会更高一些。

  三层波纹纸箱相对于五层瓦楞纸箱来说在结构、强度、保护性能和成本等方面存在一定的差异。选择使用哪种纸箱应该要依据具体的包装需求和物品特性来进行判断。